Andrej Sekera je odchovancom prievidzského hokeja. V dorasteneckom veku jeho kroky viedli do kvalitnejších trenčianskych mládežníckych družstiev a práve v Dukle Trenčín si odkrútil v sezóne 2003/04 svoj seniorský debut. Práve rok 2004 bol pre Andrejovu kariéru zlomovým, veď po účasti na MS do 18 rokov si ho v drafte NHL vybralo z tretieho kola Buffalo Sabres.

Nasledoval presun do Severnej Ameriky, konkrétne do klubu Owen Sound Attack pôsobiaceho v súťaži OHL, kde pobudol dve sezóny. Práve v tej druhej bol vyhlásený za najlepšieho obrancu ligy. Andrej počas tohto obdobia absolvoval aj dva svetové šampionáty do 20 rokov a patril medzi najväčšie hviezdy Slovákov. V sezóne 2006/07 prešiel do seniorskej súťaže AHL, kde sa v klube Rochester Americans okamžite zaradil medzi opory tímu a to neušlo pozornosti ani vedeniu Buffala.

V NHL debutoval 9. decembra 2006 proti Montrealu Canadiens, prvý bod zaznamenal 26. októbra 2007 v zápase proti Floride Panthers a prvý gól strelil 28. novembra 2007 proti St. Louis Blues. Buffalo sa stalo jeho novým domovom na sedem sezón, počas ktorých odohral za Sabres dovedna 347 zápasov prevažne v prvých formáciách. V sezóne 2012/13 počas výluky v NHL patril medzi najväčšie hviezdy Slovana Bratislava, za ktorý nastúpil v 24 zápasoch a zaznamenal 12 bodov.

V nasledujúcej sezóne čakalo Andreja sťahovanie do klimaticky ideálnej Caroliny, kde sa medzi Hurikánmi bez problémov presadil a vytvoril si aj individuálny bodový rekord, keď v 79 zápasoch nazbieral 44 bodov. V slnečnej Caroline začal aj ďalšiu sezónu, no v jej druhej polovici bol vymenený do Los Angeles Kings, tam však nastúpil len na dvanásť zápasov.

Po dvoch sezónach v teplom podnebí nasledoval v tej uplynulej presun do mrazivého Edmontonu. Aj keď Olejári patria posledné sezóny medzi najslabšie celky NHL, Andrejova úloha v mužstve plnom hviezdnych mladíkov je viac ako dôležitá, čomu zodpovedal aj najvyšší plat v tíme (5 500 000 dolároc na sezónu). Tridsať kanadských bodov v pozícii obrancu mužstva, ktoré už v decembri vie, že play off je dosť nereálny cieľ je viac ako dobrá vizitka.

Hlbokú stopu zanechal Sekera aj v slovenskej reprezentácii. Andrej sa zúčastnil šiestich Majstrovstiev sveta (tohto roku priemérovo v pozícii kapitána) a dvoch olympiád, v lete ho čaká aj Svetový pohár v drese výberu Európy. Celkovo nastúpil v našom drese v 104 zápasoch, strelil dvanásť gólov a prihral na 32. Na každom svetovom šampionáte sa dostal medzi troch najlepších hráčov Slovenska a v roku 2012 oslavoval so spoluhráčmi senzačné striebro.